そんな中、帝国に身柄を包囲されていたルナフレーナが水神との対話を始めるも、気性の粗いリヴァイアサンは中々言うことを聞かない。そこへようやくノクトが到着してリヴァイアサンに力を見せようとするもののあまりの強さに倒れてしまう。 その時、リヴァイアサンを沈めようと侵攻してきた帝国の宰相であるアーデンが突如ルナフレーナに刃を突き立てる。
ルナフレーナは最後の力を振り絞り、各地の眠る王の力をノクトに与えてリヴァイアサンとの啓示を終える。
しかし、この時のアーデンによる凶行が原因で婚約者であったルナフレーナは亡くなってしまう。
さらに軍師として同行していたイグニスが戦闘で片目を失う重症を負ってしまう。
ルナフレーナとの別れを受け入れられないまま、生気がなくなったようなノクトの態度に王の盾の一族であるグラディオが激昂。
つかみ合いになり、仲間たちは微妙な空気に。。。
その後列車を使って帝国本土を目指す中、またもや突如現れたアーデンの策略によってプロンプトが捕まってしまう。窮地に陥ったノクト達を救ったのは六神シヴァという素性を隠していたルナフレーナの従者であるゲンティアナだった。
道中でアラネアと再会し、最後の決戦だと帝国に向かうと既に帝国は陥落状態にあり、シガイだらけになっていた。レガリアを無理矢理運転し、なんとか帝国へと辿り着いたノクト達だっかが、グラディオ、イグニスと離れ離れになり、1人で帝国の城の中へ。
攫われたプロンプトを探す前に魔法を封じられたノクトはようやく王の指輪を嵌める
（13章。通称バイオハザードスタート）
なんとかプロンプトを救い出し、グラディオやイグニスとも合流するが王座の前で大量のシガイに囲まれてしまう。3人が食い止める中、ノクトはアーデンの元へ。
王座で待っていたアーデンは自分自身の過去を少し話し始める。しかしクリスタルの本質を知らないノクトはアーデンにいいように扱われクリスタルの中へ。
クリスタルの中では六神バハムートが指輪の意味を教えてくれた。
～10年後～
指輪に力を蓄えたノクトはようやく目覚めると、ガーディナ渡船場から再び物語は始まる。
世界は夜に覆われた世界になっており、そこらじゅうにシガイが溢れている。そんな世界を歩いているとレスタルムで会ったタルコット（大人）と再会。
タルコットは自警団になっており、車でハンマーヘッドに連れて行ってもらう。その間にこの10年間の世界の変化や現在のグラディオ、イグニス、プロンプト達の動向を聞く。
ハンマーヘッドに着くと待っていたのはちょっとオジサンになった仲間たちだった。
ようやく戻ったノクトを歓迎する3人と共に、ルシスの正装に着替えて最後のキャンプをした後に王都へと向かう。
荒廃した王都を進み、ようやくアーデンの待つ城へ向かうとそこには六神の裏切り者であるイフリートが待っていた。
～オープニング1シーン挿入からの再開～
イフリートとの戦いが始まる。
イフリートを追い詰めると空からバハムートが加勢にくる。
さらにゲンティアナがノクトの前に現れてイフリートは氷漬けになって消滅。
＊ゲンティアナが『もう1度』と言っていることからおそらく、裏切った際にイフリートは1度シヴァに負けている＊
ようやく王の間へと向かうと歴代の王達の力がノクトに入ると共に、アーデンの過去が語られる（別記事で考察予定）。
簡単に言えば、アーデンはルシス王家の人間であり、過去にシガイを止めていた人物であった。しかし、その時代に受けた扱いに恨みを抱いておりルシス王家の力を持った王を殺すことだけを考えて今まで帝国側に居たのだ。
最後の決戦はアーデンvsノクトの一騎打ち。
激戦というほどの戦いもなかったが、アーデンの闇の力を払うにはルシスの王たる人間が命を捧げなければならない。
歴代の王の力と共にアーデンを完全に消滅させるノクト。
エンディング
アーデンを完全に消滅させたノクトは死んでしまうが、王都の玉座でようやくルナフレーナと再会する。
正装に身を包んだノクトとドレスを着たルナフレーナがようやく結ばれてエンド。死後の世界？なのかFF13に通じるような不可視の世界なのかは不明。。
とりあえずまとめ
まずプレイを終えて思ったのは最高の世界観なのにどうしても掘り下げが足りない気がしてしょうがない。というか明らかに足りない。
ただし、ノクト自身の使命は世界から闇を晴らすことであり、それは望む望まないに関わらず、ルシス王家の人間にしか出来ない事だったという感じでしょうか？
キャラクター別の考察などは別記事で順次追加していこうと思いますので、ここではストーリー紹介にとどめておきます(´・ω・｀)
